Metode Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD) pada Ikan Lele (Clarias sp)


Penanda genetik molekuler berupa penanda DNA sudah banyak dilakukan untuk mempelajari hubungan kekerabatan mahluk hidup. Metode untuk menganalisis penanda DNA semakin berkembang dan semakin efisiem dalam penggunaan dan biaya. Metode dengan biaya yang efisien dengan hasil yang akurat merupakan metode yang dicari.

Salah satu teknik pendekatan untuk mendeteksi adanya polimorfisme pada DNA dapat dilakukan dengan metode Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Penanda RAPD menggunakan primer pendek (8-12 pasangan basa (bp) berupa oligonukleotida acak (Liu dan Dunham, 1998a; Liu et al, 1998a, 1999b). penanda RAPD sangat berguna untuk menentukan hubungan genetik, dan konstruksi peta hubungan genetik. (Grattapaglia dan Sederoff, 1994; Liu dan Dunham, 1998a,b).

Buwono (2004) menyebutkan setiap primer membuat pola satu amplifikasi yang dipisahkan pada gel agarose dan divisualisasikan dengan pewarnaan ethidium bromide. Pita-pita yang muncul pada gel agarose merupakan DNA genom hasil amplikasi oleh primer RAPD. Setiap pola pita merupakan karakter informatif untuk hubungan kekerabatan genetik. Penanda RAPD diungkapkan dan mencetak sebagai alel dominan. Amplifikasi DNA dinilai berdasarkan ukuran dan kemunculan pita pada gel agarose.

Polimorfisme terjadi ketika sebuah pita muncul dalam satu jenis orangtua dan tidak ada dalam yang lain. Bahkan jika sebuah pita homolog ada pada orangtua yang lain, dimunculkan sebagai sebuah pita dengan ukuran yang berbeda, itu akan mencetak hasil sebagai penanda yang berbeda meskipun sebenarnya merupakan lokus sama atau umum yang berlokasi sama dari urutan DNA. Secara teknis, RAPD bukan gen atau alel karena RAPD bukan kode untuk menghasilkan produk gen. Kerugian potensial untuk analisis RAPD adalah bahwa ini pola pita dominan gagal untuk membedakan antara heterozigot dan homozigot individu (Dunham 2004).

1. Analisis Polimorfisme Untuk Mendeteksi Potensial Inbreeding pada Ikan Lele (Clarias sp)
Inbreeding adalah reproduksi dari perkawinan dua induk genetik terkait kuat (Arthur et al. 2005). Inbreeding menghasilkan homozigositas yang tinggi, yang dapat meningkatkan kemungkinan keturunan yang dipengaruhi oleh sifat resesif. Kejadian ini umumnya mengarah pada penurunan variasi genetik ovulasi, yang disebut depresi inbreeding (Arthur et al. 2005).

Pertemuan gen-gen resesif pada induk yang berdekatan akan diturunkan pada keturunanya yang dapat mengurangi kualitas genotip yang berpengaruh pada fenotip. Pengurangan kualitas genotip suatu individu menyebabkan penurunan kualitas genotip suatu populasi.

Damayanti (2007) dalam Rafsanjani (2011) menyebutkan suatu populasi dengan keragaman genetik yang rendah dapat diumpamakan sebagai suatu populasi dengan individu yang saling bersaudara satu sama lainya. Sehingga dalam jangka panjang perkawinan yang akan terjadi di dalam kelompok tersebut akan merupakan perkawinan antara saudara atau Inbreeding yang akan menyebabkan penurunan kualitas reproduksi dan menyebabkan suatu individu menjadi sensitif terhadap pathogen. Oleh karena itu, inbreeding harus dicegah.

Pencegahan inbreeding dapat dilakukan dengan mengetahui informasi genetik individu dari suatu populasi. Informasi genetik individu dapat digunakan sebagai bahan untuk diteliti. Perkembangan teknik molekuler seperti penemuan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) yang mampu mengamplifikasi untai DNA hingga mencapai konsentrasi tertentu dan penemuan metode sequencing DNA dapat digunakan untuk meneliti informasi pada individu dan populasi. Penggunaan metode RAPD PCR dapat menghasilkan hasil analisa genetik yang lebih cepat dan lebih akurat untuk menentukan hubungan kekerabatan pada individu.

Pita-pita pada gel agarose yang merupakan hasil amplifikasi DNA genom, Pola-pola pita tersebut dapat dikelompokan menjadi dua kategori yaitu pita polimorfik dan pita monomorfik. Pita polimorfik adalah gambaran pita DNA yang muncul pada ukuran tertentu, tetapi pada sampel lain tidak ditemukan pita DNA pada ukuran tersebut. Pita monomorfik adalah pita yang terdapat pada beberapa sampel hingga tidak memiliki variasi (Williams dan Ronald 1990).

Hubungan setiap sampel DNA kemudian ditentukan dengan menghitung indeks kesamaan berdasarkan data numerik larik yang teramplifikasi. Indeks kesamaan ini dihitung dengan menggunakan program NTSYS (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System). NTSYS dapat digunakan untuk menemukan pola struktur dari data yang beragam dari data sampel yang dihasilkan dari 1 atau lebih populasi.

Kekerabatan diantara strain ikan Lele dianalisis dengan menggunakan jarak genetik berdasar program UPGMA (Unweighted Pair Group Method Using Arithmetic Average). Data yang dihasilkan dari penggunaan program tersebut berupa konstruksi pohon filogeni yang disajikan dalam bentuk fenogram (Buwono 2011).

Tujuan akhir pencegahan inbreeding adalah untuk pemuliaan mahluk hidup guna keperluan manusia. Pencegahan inbreeding menjadikan kekerabatan hayati menjadi sangat tinggi pada suatu populasi berdampak positif terhadap kualitas genetik populasi. Rifai et al (1994) dalam Rafsanjani (2011) menyebutkan pentingnya pemuliaan mahluk hidup berguna untuk keperluan pembudidayaan oleh manusia, karena itu upaya memahami dan mempertahankan keragaman genetik suatu populasi sangat penting dalam konservasi karena keragaman genetik yang tinggi akan sangat membantu suatu populasi beradaptasi terhadap perubahan-perubahan yang terjadi di lingkungan sekitarnya, termasuk mampu beradaptasi terhadap penyakit-penyakit yang ada di alam.

Posted by Wasiwa
Wasiwa Updated at: January 05, 2015

0 komentar:

Post a Comment